Это самый древний православный храм на территории Крыма, уникальный памятник византийского зодчества. Был построен в VIII - IX веках. По преданию постройка храма была начата с благословения Андрея Первозванного. Древняя часть храма представляет собой четырехстолпное крестово-купольное сооружение. С запада к сооружению примыкает более поздняя трехнефная базилика. Церковь была настолько известна и важна, что даже весь город некоторое время называли по имени храма "город Святого Иоанна", а Керченский пролив — "пролив Святого Иоанна". Во времена Крымского ханства храм был переоборудован в мечеть. Когда в конце XVIII века Крым вошёл в состав России, церковь стала возрождаться и реставрироваться. В 30-х годах XX века была закрыта, но в 1963 году получила статус памятника архитектуры, вновь проводились работы по укреплению здания и реставрации, в начале 90-х годов возобновились богослужения. Церковь сохранилась в достойном виде до наших дней и является одной из главных достопримечательностей Керчи и всего Крыма.